Tras la auditoria externa efectuada al Colegio Fray Luis de León por la empresa “Eduqatia” que ha tenido lugar durante los días 3, 11. 18 y 19 de diciembre de 2008, con fecha de 2 de enero de 2009, se ha recibido la comunicación que certifica la calidad de: “los procesos educativos de enseñanza reglada en los niveles de Educación Infantil, Educación Primaria, Educación Secundaria Obligatoria, Bachillerato, Actividades extraescolares, servicio de comedor y la educación en valores según el carisma dehoniano”.
El colegio Fray Luis de León ha superado exitosamente la auditoría de certificación bajo la nueva norma ISO 9001:2008 publicada en idioma español el día 18 de noviembre. Aunque la implantación se realizó partiendo de la norma disponible en ese momento (ISO 9001:2000), el centro no ha tenido problema alguno en superar exitosamente la auditoría bajo la nueva norma debido principalmente a la adecuada interpretación de los requisitos a cumplir y a un enfoque a la calidad, el cliente y un buen servicio docente más allá de los mínimos requeridos por la norma.
Tanto en el aspecto docente reglado como en las actividades extraescolares y el servicio de comedor escolar, todos ellos aspectos contemplados dentro del alcance del certificado, el trabajo previo a la certificación ha sido muy adecuado surgiendo numerosos ejemplos de buenas prácticas.